Zygmunt Tarło, kasztelan sądecki, z grupą wybitniejszych osobistości pisał do papieża Grzegorza XV, aby pozwolił   franciszkanom-reformatom osiedlić się w Polsce. Gdy ci przybyli do kraju, jako pierwszy wystąpił w 1621 roku z propozycją wystawienia im klasztoru w Zakliczynie nad Dunajcem. Zakonnicy przybyli dnia 19 VI 1622 roku, wprowadzeni przez syna fundatora Andrzeja Tarło.

Pierwsze zabudowania klasztorne były drewniane. W latach 1645 - 1654 drugi syn fundatora Zygmunt Aleksander Tarło, kasztelan Przemyski, polecił wystawić murowany kościół i klasztor.

Świątynie konsekrował 27 X 1654 r. bp Wojciech Lipnicki, sufragan krakowski. W 1730 roku Piotr Stadnicki, kasztelan Wojnicki opasał murem zabudowania klasztorne oraz dał w miejsca drewnianych, sklepienia murowane we wszystkich pomieszczeniach klasztornych. W latach 1761-1768 z funduszu Macieja Lanckorońskiego, kasztelana kijowskiego, wybudowano nowy refektarz oraz cele mieszkalne nad nim.

W roku 1869 poszerzono cmentarz przykościelny. W roku 1955 założono ponownie kapliczki Drogi Krzyżowej na placu przykościelnym oraz postawiono grotę Matki Bożej z Lourdes. W latach 1889-1890 usunięto balustradę sprzed bocznych ołtarzy i odnowiono wnętrze kościoła. W roku 1902 dano polichromię w kościele w stylu secesji. W ostatnich latach, dla uzyskania większej przestrzeni, przesunięto ołtarz główny do ściany prezbiterium, a chór zakonny urządzono w klasztorze na piętrze, w części przyległej do kościoła.

W klasztorze mieści się nowicjat Z tego też powodu w 1978 roku przystąpiono do generalnego remontu klasztoru przystosowując go dla potrzeb domu formacyjnego, zachowując jego walory zabytkowe.

W kościele na uwagę zasługuje nagrobek Zygmunta Tarły wykonany z czarnego marmuru i alabastru przedstawiający leżącą postać rycerza.

W roku 1999 papież Jan Paweł II beatyfikował syna zakliczyńskiej ziemi o. Krystyna Gondka. Z tej okazji odbywały się w klasztorze uroczystości pobeatyfikacyjne, podczas których bp tarnowski Wiktor Skworc w asyście biskupów pomocniczych poświęcił ołtarz zaprojektowany przez prof. Czesława Dźwigaja, dedykowany nowemu błogosławionemu.